Kinh tế huyện Chợ Đồn vẫn lấy nông nghiệp làm chủ đạo, do địa hình thuộc vùng kinh tế đặc biệt khó khăn nên khả năng phát triển về công nghiệp và dịch vụ còn hạn chế. trong những năm gần đây (2000 đến nay) tỉnh Bắc Kạn đã chú trọng phát triển kinh tế tại huyện, trong đó kêu gọi các nhà đầu tư tiến hành thăm dò và khai thác các nguồn lợi về khoáng sản (nhiều nhất là quạng sắt, chì... trữ lượng hiện chưa thống kê được), nên kinh tế huyện đã có bước tiến vượt bậc. góp phần vào sự phát triển chung của tỉnh Bắc Kạn.